"Det var midt i skumringstimen. Julegatene var tent, tjukke snøfiller danset mellom lyktene..." I en bortgjemt bokhandel finner Joakim en magisk julekalender. Hver dag når han åpner en luke i kalenderen, faller det ut en liten lapp med en fortelling om Elisabeth og hennes reise til Betlehem.

Det er en reise gjennom Europa og Lilleasia, men det er også en reise gjennom historien. Hvem har laget den forunderlige julekalenderen? Kan det være den mystiske blomsterselgeren på torget? Handler fortellingen på de små papirlappene om Elisabeth, som en gang for mange år siden ble borte fra moren sin i julehandelen? Og den unge kvinnen på bildet foran den store Peterskirken i Roma, kan det være den samme Elisabeth?

Julemysteriet er en kalenderbok der Jostein Gaarder forener historisk innsikt og fabulerende fantasi på en måte som gjør leseren til meddikter.