Samarkand handler om Omar Khayyam, som ble født i 1048. Han var persisk dikter, matematiker, filosof og astronom. Khayyam ble for alvor kjent i Vesten da diktene ”Rubaiyas” ble utgitt på engelsk på slutten av 1800-tallet.

I den første halvdelen av boka fortelles historien om Omar Khayyams liv, og om hvordan han blir kjent med den mektige vesiren Nizam-el-Molk og Hassan Sabbah, grunnleggeren av den grusomme sekten Assasinerne. Khayyam får en bok med blanke ark. Der skal han skrive ned sine tanker i stedet for å si alt høyt og dermed risikere livet. Boken blir senere illustrert og utvidet med historien om hans liv før den legges ned i et gullskrin.

I den andre delen av boka blir leseren kjent med fortellerens historie. Foreldrene hans hadde hver sin oversettelse av ”Rubaiyat” og kalte sønnen sin Benjamin O. Lesage. O for Omar. Nysgjerrigheten for hans fjerne ”fadder” blir vekket, og han leser alt han kan om og av Khayyam i tillegg til studier i persisk språk og litteratur. På en reise til Europa treffer han en mann som forteller at han har sett Samarkandmanuskriptet, og dermed er jakten i gang. Lesage reiser mot øst, treffer den skjønne Shirin og opplever et Iran i full oppløsning på begynnelsen av 1900-tallet. Dette er en grundig og praktfull framstilling om poesi, filosofi og orientalsk historie.