1972, Black River Falls, Wiscounsin. Alicia Western, tjue år gammel og med førti tusen dollar i en plastpose, ber om å bli innlagt på et sykehus. Hun holder på å ta en doktorgrad i matematikk ved University of Chicago, og er diagnostisert med paranoid schizofrreni. Hun vil ikke snakke om broren sin, Bobby. I stedet reflekterer hun over psykiske lidelser, og hvordan mennesker insisterer på én felles oppfatning av verden. Hun husker en barndom der hennes egen bestemor fryktet for henne da hun bare var syv år gammel. Hun drøfter skjæringspunktet mellom fysikk og filosofi, og hun introduserer hallusinasjonene bare hun kan se. Og hele tiden sørger hun over Bobby, som fortsatt ikke er helt død, og som ikke er helt hennes. «Stella Maris» bli kun fortalt gjennom transkripsjoner av Alicias terapitimer.